馬姓出自『嬴』姓，以邑名為氏，據《元和姓纂》所載，趙惠文王二十九年（前270年），趙國大將趙奢因戰公，受封於馬服（河南邯鄲），稱為馬服君。其後有馬服氏，簡為馬氏。
據《金史》所載，西域人馬慶祥，入居臨洮狄道，逐以馬為氏。
據《元史》所載，元之月乃和，以祖為金國馬步指揮使，因改姓馬。名祖常。
元明時期，回族依斯蘭教徒多用馬氏。
馬姓作為一個姓氏出現，大概是在戰國後期。史傳記載，馬姓與中國姓氏中的另一大姓——趙姓有着不解之緣，馬姓源自趙奢。趙奢是戰國後期趙國名將，閼與之戰因率兵救魏大破秦軍而被封為馬服君。隨後不久，趙奢的部分子孫就以其封邑為姓改稱馬服氏，後來又逐漸改姓為馬，成為後世大部分馬姓的正源。趙國滅亡之後，趙奢之孫趙興因避亂而遷至陝西扶風一帶，到西漢時繁衍成為大姓，因而扶風也逐漸成了馬姓的郡望。
比馬姓更早的還有個複姓『馬師』。據《通志·氏族略》的記載，他們是春秋鄭穆公的後裔，以擅長馴馬、相馬和醫馬而著稱。『馬師』氏後來也逐漸省略『師』字改成馬姓。
馬氏還有一部分並非純粹的中原民族。據考證唐代以後有許多少數民族仰慕中華文化，紛紛丟掉原姓改用漢姓，這其中就有很多人選擇了『馬』姓。
演變與發展：馬姓還有其他一些來源，如西漢末年，王莽的大司徒馬宮，原來姓馬矢，後來改姓馬。馬姓一開始在趙國，趙國被秦國滅了以後，馬姓遷徙到扶風茂陵發展。唐末，馬姓入福建，發展成為大族，宋代以後，逐漸進入廣東，清代時進入台灣。馬姓的主要聚居地有：扶風，京兆，郟郡，荏平，臨安，西河，廣陵，華陰，正平，譚州等。