祁（Qí）姓源出自春秋時晉國公族。據《元和姓纂》和《辭源》所載，春秋時晉獻侯四世孫奚為晉大夫，食邑於 祁姓祁（故城在今山西省-祁縣東南十五里處古縣鎮），遂以邑為氏。
出自姬姓，黃帝之後。據《廣韻》所載，黃帝二十五子，得姓者十四人為十二姓，中含祁姓。
出自陶唐氏，是堯的後代。據《姓氏考略》所載，帝堯伊祁氏之後有祁姓。
據《路史》所載，少昊之後有祁姓。
周時司馬祁父之後，以名為氏。一說祁父乃管理兵甲之事的官職，後世以官命姓。
出自他族。清滿洲人姓，世居瀋陽；又，清滿洲八旗姓奇德哩氏後改為單姓祁；清時甘肅西寧（今屬青海省）土司、甘肅碾伯縣（今青海省樂都）土司為祁姓，乃蒙古人；土族祁嘎氏，漢姓為祁；今土家、彝、滿、保安、東鄉、回等民族均有此姓。
演變與發展：祁姓發源於祁地，當時的祁地，幾乎包括整個晉中平川。隋唐時期，祁姓在北方分布更廣，今山東、甘肅都有祁姓人入居。兩宋之際，尤其是南宋以後，南方之祁姓逐漸興旺起來，今安徽、江蘇、浙江、江西等地都有祁姓人定居。元末明初的社會動盪，導致今中原、華東、中南之地人口銳減。明初，山西祁姓作為明朝洪洞大槐樹遷民姓氏之一，被分遷於今河南、河北、山東、安徽、江蘇、陝西等地。明中葉以後，祁姓在全國分布更廣。清中葉以後，始有沿海之祁姓遷渡台灣，以及南洋諸國。如今，祁姓在全國分布較廣，尤以江蘇多此姓。